Susunan organisasi Lembaga Pengelola Dana dan Usaha Keolahragaan (LPDUK) setelah menjadi Badan Layanan Umum (BLU) akan disesuaikan berdasarkan Peraturan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi (Kemenpan RB) Nomor: PER/02/M.PAN/1/2007 tanggal 25 Januari 2007 tentang Pedoman Organisasi Satuan Kerja di Lingkungan Instansi Pemerintah yang Menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum. Berdasarkan peraturan tersebut dan Peraturan Menpora Nomor 22 Tahun 2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja LPDUK, disebutkan bahwa struktur organisasi BLU terdiri dari unsur Pimpinan BLU, Pejabat Keuangan, Pejabat Teknis, Satuan Pengawas Intern, dan Pejabat Pelaksana serta Dewan Pengawas.
