Susunan organisasi Lembaga Pengelola Dana dan Usaha Keolahragaan (LPDUK) setelah menjadi Badan Layanan Umum (BLU) akan disesuaikan berdasarkan Peraturan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi (Kemenpan RB) Nomor: PER/02/M.PAN/1/2007 tanggal 25 Januari 2007 tentang Pedoman Organisasi Satuan Kerja di Lingkungan Instansi Pemerintah yang Menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum. Berdasarkan peraturan tersebut, disebutkan bahwa struktur organisasi BLU terdiri dari unsur Dewan Pengawas, Pemimpin, Pejabat Keuangan, Pejabat Teknis, dan Satuan Pengawas Intern.
